發酵罐的滅菌温度一般在121℃以上,常見的有自動控温的高壓滅菌釜。此温度可有效地殺滅絕大部分常見的微生物和病毒,保證發酵罐內部的衞生狀況。在滅菌之後,需要注意讓發酵罐內部温度逐漸降低,避免對生物體的影響。