1、施肥淺或表施：肥料易揮發、流失或難以到達作物根部，不利於作物吸收，造成肥料利用率低。肥料應施於種子或植株側下方16-26釐米的地方。
2、施肥方法：由於施用方法不當，可能造成肥害，發生燒苗、植株萎蔫等現象。例如，一次性施用化肥過多或施肥后土壤水分不足，會造成土壤溶液濃度過高，作物根系吸水困難，導致植株萎蔫，甚至枯死。此外，土壤中銨態氮過多時，植物會吸收過多的氨，引起氨中毒。
3、過多使用某種營養元素：會對作物產生毒害，還會妨礙作物對營養元素的吸收，引起缺素症。例如，施氮過量會引起缺鈣；硝態氮過多會引起缺鉬失綠；鉀過多會降低鈣、鎂、硼的有效性；磷過多會降低鈣、鋅、硼的有效性。可以根據植物的不同生長時期施肥的量不同，幼苗時期施肥次數要多，但要施肥薄，以促快速生長，成苗後要多施磷肥鉀肥，觀葉的植物藥多施氮肥，使其葉子嫩綠，觀賞花的植物要多施磷鉀肥，使其更容易開花。
4、施用未腐熟農家肥：未腐熟的畜禽糞便在腐爛過程中，會產生大量的硫化氫等有害氣體，易使蔬菜種子缺氧窒息；併產生大量熱量，易使蔬菜種子燒種或發生根腐病，不利於蔬菜種子萌芽生長。未經腐熟的糞便類裏攜帶大量的致病微生物和寄生性蛔蟲卵，一旦施入農田，會對部分作物和土壤造成污染。
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