1、增施有機肥。施用有機肥，特別是施用腐熟的有機肥，可降低果實中的硝酸鹽含量，能夠滿足蕃茄對微量元素的需求，充分發揮大量元素氮磷鉀的吸收利用率，提高產量和品質。
2、施用長效化肥。蕃茄與其他作物不同，生長期對氮的吸收一直較大，而一般氮肥施用不當會發生淋溶、揮發等降低利用率。可施用塗層尿素、長效碳銨、控制緩釋肥等化肥，可避免浪費，提高利用率，減少用肥 量，從而降低對蕃茄的硝酸鹽污染。此外，儘量不用硝酸鹽化肥。
3、生物肥和化肥混用。番茄長期施用化肥，使微生物大大減少，因此，有機質的消化、分解受到阻礙，營養元素易流失，降低了土壤資源的利用率。目前市場上有許多含有多種氨基酸、微量元素及植物化學成分和微生物代謝物的微生物肥料，具有很強的作物綜合生化調控能力和迅速補充養分的功能，這些肥料與化肥混用大大提高化肥利用率，增強土壤有機質和微生物的活性，提高土壤的可持續供給，並且對降低蕃茄果實硝酸鹽含量也有顯著作用。
4、基肥、追肥、葉面肥相結合。為保證蕃茄生長髮育對營養的吸收利用，施用基肥既可提高地力，又可供應苗期需求。適時追肥能有效提高肥料利用率。合理噴施葉面肥主要是噴施微量元素肥料，能滿足蕃茄對微量元素的需求。
5、配方施肥。根據土壤原有的營養元素含量，蕃茄生長髮育的需要量，按比例增施肥料。配方施肥既能合理調配各種元素用量，提高肥料利用率，保證蕃茄豐產豐收，又不會降低蕃茄果實硝酸鹽含量起到顯著作用。
6、注意事項：以温調肥：早春温度低，土壤養分供應慢，前期追肥要跟上，5月份以後減少氮肥追肥，增加鉀肥的使用。初秋温度高，*壤有機養分供應能力強，以控為主，不要追肥。
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