1、引起消化不良。代可可脂中含有極為豐富的蛋白質，一次食用過多不僅阻礙人體對鐵的吸收，而且容易引起蛋白質消化不良，出現腹脹、腹瀉等不適症狀。
2、促使腎功能衰退。在正常情況下，人吃進體內的植物蛋白質經過代謝變化，最後大部分成為含氮廢物，由腎臟排出體外。人到老年，腎臟排泄廢物的能力下降，此時若不注意飲食，大量食用代可可脂，攝入過多的植物性蛋白質，勢必會使體內生成的含氮廢物增多，加重腎臟的負擔，使腎功能進一步衰退，不利於身體健康。
3、促使動脈硬化形成。美國醫學專家指出，代可可脂中含有極為豐富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可轉化為半胱氨酸。半胱氨酸會損傷動脈管壁內皮細胞，易使膽固醇和甘油三酯沉積於動脈壁上，促使動脈硬化形成。
4、導致碘缺乏。製作代可可脂的原料含有一種叫皂角苷的物質，它不僅能預防動脈粥樣硬化，而且還能促進人體內碘的排泄。長期過量食用代可可脂很容易引起碘缺乏，導致碘缺乏病。
5、促使痛風發作。腐含嘌呤較多，嘌呤代謝失常的痛風病人和血尿酸濃度增高的患者多食易導致痛風發作，特別是痛風病患者要少食。
6、代可可脂是一種非常複雜的脂肪酸。氫化油脂是反式脂肪酸的一種。反式脂肪酸（TFAS）是植物油在加温等過程中，添加氫後形成的。
國際最新的研究發現，TFAS可能引起人體膽固醇升高，並對胎兒體重和II型糖尿病具有潛在影響，甚至是老年痴呆症的誘因之一。由於反式脂肪酸對人體的危害是潛在、漸進的，專家也稱這些代可可脂巧克力為“慢性殺手”。
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