1、抑菌、抗癌作用微波能抑制細菌及癌細胞的DNA、RNA和蛋白質的合成:激活溶酶體，紊亂癌細胞骨架排列，導致癌細胞破壞;增強巨噬細胞和T細胞吞噬能力，提高免疫力，從而達到抑菌、抗菌作用。
2、對炎症的作用微波的消炎作用機理，在炎症的不同階段有很大的差異，微波輻射功率決定它的消炎作用機理。炎症的發展與致炎介質的作用有關，在致炎介質的作用下，微血管損傷，滲透性升高。
在急性炎症階段，炎症病灶致炎介質含量增加，微血管功能紊亂，管壁通透性升高。在低功率微波輻射作用下，炎症病灶致炎介質含量降低，微血管通透性降低，從而抑制炎症發展。
微波的消炎作用機理中，對機體免疫功能紊亂的作用具有決定性的意義。這是藉助作用於垂體一腎上腺皮質系統，引起血中促腎上腺皮質激素和糖皮質激素水平升高，產生明顯的免疫低下和消炎作用。微波消炎作用的基礎是對炎症過程的抑制，以及對適應系統的激活、對修復過程的刺激。
3、對心血管系統的作用治療功率的微波輻射對心臟有擬迷走神經的作用，同時能改善冠狀動脈血液循環。微波照射後，組織温度升高，血管迅速擴張，血液循環增強，血流速度加快。
4、對神經系統的作用低功率、短時間的微波照射能加強大腦興奮過程，大功率、長時間的微波照射則增強抑制過程。微波對植物神經的作用有擬迷走神經的作用，會引起心率、血壓、呼吸頻率降低等。低功率微波輻射作用於周圍神經，可使神經肌肉的電興奮性和生物電活性升高，能促進周圍神經再生，可用於治療面神經炎。
5、對呼吸系統的作用低功率微波輻射作用於支氣管肺部，可使呼吸減慢，支氣管通氣量增加。對支氣管肺部非特異性炎症患者治療，能使肺動脈壓降低，而肺動脈壓升高是肺部非特異性炎症疾病病理機制發展的一個主要環節，故微波透熱療法是針對發病機制的療法。
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