1、適貯條件。冬瓜喜温耐熱，屬冷敏性蔬菜，貯藏適宜條件：温度為10-15℃，相對濕度為70-75%，且通風良好，存放在10-15℃左右，可保存數月。
2、貯瓜的準備。冬瓜含水量較高，嫩瓜及過分成熟的瓜都不宜貯藏，所以貯藏的冬瓜要求九成熟，皮厚，肉厚，質地緻密、品質較好，表面青皮發亮，佈滿蠟質的品種。貯藏的瓜不能遭霜打，在生長期間應在瓜下墊磚或吊空，並防止日光曝曬，採收前1周不準灌水。冬瓜在入庫之前要嚴防雨淋。採收時要留3-5釐米的瓜秧。選擇天氣涼爽時早晨用剪刀剪摘。為防止瓜與瓜碰撞產生機械傷害，造成微生物侵染，用報紙包冬瓜。搬運過程中應輕拿輕放，嚴防擦傷、碰傷，特別注意應嚴防拋落，滾動現象，以免造成冬瓜內部損傷，給入庫貯藏造成較大隱患。
3、貯窯的準備。貯藏窯庫建造多以半地下方式，即建造窯室高約3.6米，地表上下面各建造1.8米，四周設有窯庫窗，並對開，以便於通風、換氣。貯藏窯的大小根據所貯冬瓜的數量決定。這種結構的建造，具有恆温性高、涼爽、通風簡便、乾濕度易控制的優良特點。在準備進行冬瓜入庫前2-3天庫內應全面消毒滅菌：以高錳酸鉀煙霧燻蒸窯庫密閉處理以後，並把庫温降至13℃，再將需要貯藏的冬瓜入庫。
4、冬瓜的擺放。選擇經過嚴格挑選整齊、無破損的成熟冬瓜於庫內堆貯或架貯，最好使用架藏，單層擺放。架貯冬瓜因通風較好，相應比堆貯的要好，但架貯冬瓜也應在貯存架上先墊鋪乾草等柔軟通風材料，然後再將冬瓜擺上去。採取堆放時，應先在庫底墊上乾草或草簾，然後在上面擺放冬瓜，一般不超過3層，以免壓傷損壞。堆放時要留出通道，以便檢查。在擺放過程中，主張冬瓜地裏怎麼長，窖裏怎麼放，即根據冬瓜在田間生長時的狀態進行相同的狀態擺放，切不可錯置，因為瓜瓤已適應其重力作用方向，不易產生裂傷，貯藏時間便可以更長一些。
5、剔除病瓜。貯藏期間要注意查窖，隨時將鬆軟發黴腐爛的冬瓜檢出地窖，防止病菌傳播。同時將病冬瓜周圍的冬瓜檢出單獨存放，並做好消毒處理。冬瓜貯藏期，只要能掌握好温、濕度環境條件，一般均可貯藏3-4個月或更長時間。
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