1、崇禎十七年（1644年），李自成起義軍攻佔北京，崇禎帝朱由檢在煤山自縊。隨後清兵入關，明朝宗室及文武大臣大多逃亡南方，此時淮河以南名義上仍屬明朝。同年福王朱由崧監國南京，之後稱帝，改元弘光。隨後清軍快速南下，圍攻揚州，揚州城池破。不久南京陷落，弘光帝被俘。弘光元年（清順治二年，1645年），唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，在福州稱帝，改元隆武。
2、隆武帝採取了聯寇抗清政策，黃道周發動了短暫的北伐，但隨着鄭芝龍降清，局勢惡化，隆武帝被俘後絕食而亡，清軍迅速佔領東南大部。隆武二年（清順治三年，1646年），桂王朱由榔在肇慶稱帝，改元永曆。後在局勢危機的情況下與大西軍餘部聯合起來。鄭成功在東南沿海也乘勢崛起，東西兩面打擊清軍，抗清局面出現了高潮。但是隨着三王內訌和清軍加大進攻，明軍滇黔防線被清軍迅速擊破。永曆十五年（清順治十八年，1661年），緬王莽白將永曆帝執送清軍。次年，永曆帝在昆明被殺，南明政權最終滅亡。清康熙二十二年（1683年），延平王鄭克塽降清，清軍佔領台灣。
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