1、天牛。在立秋後出現，幼蟲蛀食枝幹，嚴重時造成整株死亡。防治方法：在秋季採收花椒時，將蟲梢徹底剪除燒燬或用鐵絲鈎殺，再用棉花沾上煤油或巴丹粉混合液堵塞蟲蛀孔。
2、鳳蝶。成蟲產卵於嫩芽或嫩葉背面，危害葉子，成鋸齒狀。防治方法：冬季剪枝時注意殺蛹，夏季撲殺成蟲，在植株上噴蚍酸鋁毒殺幼蟲。
3、蚜蟲。主要危害樹葉。防治方法是：在10月中、下旬清除地中、樹穴、石縫雜草，消除越冬場所，每年4月中旬用1500倍液樂果乳劑灑射植株，或用1:1000～3000倍敵敵畏溶液噴施、或用1:1000～2000倍鋅硫磷乳油噴霧、或用1:4:400～500洗衣粉、尿素溶液噴霧，防效均可達95％。
4、葉鏽病。主要危害葉片，高濕的夏秋季容易發病，發病初期椒葉面部呈圓形淡黃色病斑，以後病斑顏色逐漸加深呈黃褐色並有粉末狀橙紅色孢子產生。防治方法：6～8月噴施1～2次0.3～0.5度的石硫合劑或1000倍液甲基託布津。冬季結合修剪將落葉和樹冠下的雜草剷除燒燬，同時噴灑2～3度石硫合劑。
5、根腐病。花椒幼苗，成年椒樹染病後，地下根部呈水腫狀，根皮易脱落，並有異臭味。防治方法：⑴苗圃地應選擇排水良好的沙質土地，苗牀應做高廂，並注意排水。不在有根腐病的土壤內育苗。⑵苗期多施磷鉀肥、增強苗木抗病能力。⑶發現成年椒樹染根腐病後，應及時剪除病根，剪口處塗以石硫合劑消毒，並施以草木灰。
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