1、審計業務和審閲業務的區別主要是：目標不同。財務報表審計的目標是：註冊會計師通過執行審計工作，對財務報表的下列方面發表審計意見：財務報表是否按照適用的會計準則和相關會計制度的規定編制；財務報表是否在所有重大方面公允反映被審計單位的財務狀況、經營成果和現金流量。財務報表審閲的目標是：註冊會計師在實施審閲程序的基礎上，説明是否注意到某些事項，使其相信財務報表沒有按照適用的會計準則和相關會計制度的規定編制，未能在所有重大方面公允反映被審閲單位的財務狀況、經營成果和現金流量。
2、業務性質不同。財務報表審計屬於合理保證的鑑證業務；財務報表審閲屬於有限保證的鑑證業務。
3、執業標準不同。財務報表審計是根據《中國註冊會計師審計準則》的規定進行審計；財務報表審閲是根據《中國註冊會計師審閲準則第2101號——財務報表審閲》的規定進行審閲。
4、所使用的程序和方法不同。財務報表審計程序的實施範圍較廣，程度較深，種類較多，包括檢查記錄或文件、檢查有形資產、觀察、詢問、函證、重新計算、重新執行、分析程序等。財務報表審閲以詢問和分析程序為主，只有當有理由相信所審閲的財務報表可能存在重大錯報時才需要追加其他程序。
5、註冊會計師提供的保證程度不同。財務報表審計以積極方式提供合理保證；財務報表審閲以消極方式提供有限保證。
6、結論的類型不同。財務報表審計的意見類型有無保留意見、保留意見、否定意見、無法表示意見4種，其中無保留意見和保留意見可以加強調事項段；財務報表審閲類似於審計意見的類型，包括無保留、保留、否定、無法提供任何保證4種。
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