1、兩者的實質不同：新三板創新層的實質：指根據新三板分層制度的有關規定，全國股轉系統將所有在新三板掛牌的公司，劃分為創新層和基礎層兩個層級，符合不同標準的掛牌公司分別納入創新層或基礎層管理。新三板基礎層的實質：指，根據新三板分層制度的有關規定，全國股轉系統將所有在新三板掛牌的公司，劃分為基礎層的層級。
2、兩者的規定不同：
3、新三板創新層的規定：最近兩年連續盈利，且年平均淨利潤不少於2000萬元（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；最近兩年加權平均淨資產收益率平均不低於10%（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）。最近兩年營業收入連續增長，且年均複合增長率不低於50%；最近兩年營業收入平均不低於4000萬元；股本不少於2000萬股。最近有成交的60個做市轉讓日的平均市值不少於6億元；最近一年年末股東權益不少於5000萬元；做市商家數不少於6家；合格投資者不少於50人。
4、新三板基礎層的規定：其它所有未入選創新層的股票，全部列入基礎層。需要指出的是，掛牌公司所屬市場層級及其調整，不代表全國股轉公司對掛牌公司投資價值的判斷。
5、兩者的意義不同：新三板創新層的意義：通過內部分層，可以在交易制度、發行制度、信息披露的要求等制度供給方面，進行差異化的安排，以最終達成新三板市場持續、健康發展的目標。新三板基礎層的意義：隨着新三板市場的逐步完善，我國將逐步形成可以滿足各種投融資服務需求的多層次資本市場體系。
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