1、法律的規定不同:國食健字依據的是2005年頒佈的《保健食品註冊管理辦法(試行)》第33條規定。國食健注是2016年頒佈的《保健食品註冊與備案管理辦法》第43條規定。
2、適用產品不同:國食健字適用於2005-2016年的保健品。國食健注是2016後的保健品。
3、格式不同:國食健字格式為國食健字G+年代號+4位順序號。國食健注格式為國食健注G+年代號+4位順序號。