1、醫療保險參保人員的報銷程序如下：持新型農村合作醫療證書的參保農民在指定機構門診就診，直接到指定醫療機構就診。根據《新型農村合作醫療制度證書》家庭門診賬户的現有金額，減免醫療費用，超出部分由參合農民自己支付。定點醫療機構應當及時向農業醫療機構結算。
2、參加農民在市、縣、鄉指定的醫療機構就醫的，由指定的醫療機構直接給予補償。對指定醫療機構發生的醫療費用，應當進行審查，並按照實施辦法規定的標準預繳補助金額。
3、參加省定點醫療機構和非定點醫療機構住院的農民，由鄉鎮農業醫療機構給予補償。住院醫療費用由鄉（鎮）農業醫療機構一次性報銷2000元以下（含2000元）。報銷金額必須經鄉（鎮）農業醫療機構2000元以上審批或者縣農業衞生局批准方可報銷。
4、申領補償時，需帶身份證、户口本、《新農合證》(此三證原件審核後複印存底)醫療機構的有效住院發票、出院小結(或病歷)、費用清單和轉診證明。
5、患門診大病(慢性病)的參合農民在規定時間(一般在每年7月和12月份)，需帶身份證、户口本、《新農合證》、門診發票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫院或專科醫院的門診大病(慢性病)證明到鄉(鎮)農醫所辦理。
6、對已參加了商業保險的參合農民和參加了學生醫療保險的在校學生，出院後既要商業保險賠付又要新農合補償時，參合農民應先將住院發票原件和發票複印件先交農醫所或縣級定點醫療機構核對後予以補償，再將住院發票原件到商業保險公司賠付。發票複印件由農醫所或縣級定點醫療機構保存，但外傷病人只能原件報銷(學生除外)。
7、住院費用在出院後三個月內結算，超過三個月的，免予賠償。按照實施辦法，農業醫療機構應當在10個工作日內向參合農民支付標準補償金。
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