1、盆栽檸檬如管理不當，往往只開花、不結果或少結果，甚至不開花。要讓盆栽檸檬年年開花、結果，必須在水、肥、修剪等環節進行科學的管理，才能達到果實累累的目的。
2、管理的幾個主要環節如下：合理修剪。盆栽檸檬修剪的原因有二，一是盆小、土少，提供的養分有限，不能滿足檸檬生長的需求，必須進行修剪；二是，通過整形修剪，調節樹體內營養的合理分配，使有限的養分集中供給芽、葉，形成更多的結果枝，從而達到花果滿枝。盆栽檸檬在春梢萌發前，必須進行強度修剪，首先去除枯枝、病害枝、徒長枝、內向枝、交叉枝、萌生枝等。對強枝弱剪，留4、5個飽滿芽；弱枝強剪，留2、3個芽，促使每個枝條多發健壯的春梢。春梢長齊後，為控制其徒長，可進行輕剪，剪去枝梢3、4節。以後長出的新梢有6~8節時就摘心，目的是誘發較多的夏梢。
3、花前“扣水”。為防止夏梢生長過旺，同時樹體要積累養分、促進花蕾的形成，在處暑前對盆栽檸檬進行“扣水”。具體做法是，在處暑前十餘天對盆栽檸檬的供水逐漸減少 ；前5天停止供水，盆土經日曬，水分大量蒸發，盆土乾燥；根系因水分缺乏，產生枝葉失水，葉片乾癟、捲曲。為防止葉片脱水，可早、晚向葉面噴水，同時也可向盆土噴少量水，使檸檬處於既乾旱又不致於枯死的條件下，其腋芽反而日益膨大，芽色由綠轉白，當大部分腋芽由綠轉白時，“扣水”促花就成功了。此時要及時恢復給盆栽檸檬供水。
4、保花保果。檸檬開花後，除每週施一次薄肥外，還須進行疏花、疏果。在花未開時先疏去一部分花蕾；花謝、坐果後，再疏去一些位置不當的幼果，目的是減少消耗養分，讓有限的養分集中供給保留下來的花、果，使果實長得更大更好。在果實成長期間，如果肥水充分，植株營養狀況好，部分枝條會萌發新梢，新梢的成長必然會分流部分營養，影響果實的長大。為保住果實，對長出的新梢要及時抹除。果實黃熟時，停止施肥，並減少澆水，讓土壤保持濕潤略微偏幹。倘若繼續給予過多的肥水，則果實會提前老熟和早落，縮短觀賞時間。
5、合理施肥。檸檬喜肥，平時應多施薄肥。植株在萌芽前施一次腐熟液肥，以後每7~10天施一次以氮肥為主的液肥，促使多長枝葉、多發春梢。每次摘心後，要及時施肥，促使枝條提早老熟。檸檬生長期間，可在盆面撒一些餅肥，使每次澆水都有一些肥料滲入土中，增強肥力。入秋後，施肥減少，避免植株營養過剩、促發秋梢，與果實爭奪養分而造成落果。
6、翻盆。盆栽檸檬由於盆土少，營養供給十分有限，多年後土壤肥力缺乏，檸檬會逐年衰弱，開花少、結果不多。為保持檸檬年年開花、結果，必須要翻盆。翻盆最適時間在檸檬萌芽前的半個月。翻盆前，先準備好比原盆大一號的盆，將檸檬從盆中脱出，勿弄碎泥團，沿泥團削去1、2釐米厚的表層宿土，剪去枯根、爛根，並削去泥團底部1釐米厚的土，取出陷入土中原盆底墊的瓦片。新盆排水孔用瓦片擱好，先鋪一層2、3釐米厚的排水層，再鋪一層4、5釐米厚富含營養的培養土，其中拌有少量過磷酸鈣。然後把檸檬泥團放入盆中，四周填入培養土至盆口處，略微壓實盆土，澆足定根水，置於通風、半陰處，一週後放回原處，進行日常管理。
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