1、地理位置不同,珠海站位於中國廣東省珠海市香洲區拱北街道昌盛路5號,明珠站位於中國廣東省珠海市明珠北路。站台規模不同,珠海站站場規模為5台8線,明珠站的站場規模為2台2線。
2、途經線路不同,珠海站途經線路為廣珠城際鐵路和珠機城際鐵路,明珠站途經線路為廣珠城際鐵路。
3、珠海站,為廣珠城際鐵路、珠機城際鐵路的起止站點,是珠海重要的客運樞紐站。明珠站,為廣珠城際鐵路的中間站。
4、珠海站始建於2009年,於2020年8月19日珠機城際鐵路珠海站完工,明珠站於2009年始建,於2012年12月31日正式開通運營。