1、感病嚴重的棉籽。枯、黃萎病是制約棉花產量的頑症之一，棉籽又是病菌的載體。病菌可以隨着棉籽迅速傳播。因此，枯、黃萎病嚴重地區的棉種，不能調入感病輕的棉區，更不能調入無病棉區。伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生長髮育不良，成熟度差，鈴重輕，種子發芽率低，長勢脆弱。
2、剝桃花的棉籽。有些棉農對發育較為充分的伏桃，仍然有搶墒剝桃花的陋習。凡剝桃花的棉籽，由於沒有充分成熟，更沒有完成後熟作用，不能推向市場。噴施了乙烯利的棉籽。噴施乙烯利雖可促棉花早熟3～4天，但對棉籽損傷較大，使棉種發育不全，不能做種。
3、退化嚴重的品種。棉花是異交作物，異交率在8%左右，有些棉農多年沒有更換新的品種，棉種純度只有70～80%，品質退化嚴重，繼續使用必將導致減產，品質下降。與農藥、化肥一起存放的棉籽。有些農户將棉籽與農藥、化肥長期存放於一個倉庫且通氣不良，由於農藥、化肥散發的有毒氣體損傷棉籽，造成發芽率降低。
4、儲存年代過久的棉籽。棉種存放半年一般發芽率在80%以上，在無低温冷藏設備的情況下，棉種的壽命與儲存年代呈負增長。水泥曬場上曬過的棉籽。在水泥曬場上曬含水量較高的棉籽，由於呼吸強度旺盛，造成棉種生理機能失調，部分棉籽形成啞籽，失去發芽能力。
5、機械損傷過重的棉籽。精加工的包衣棉種中，機械損傷率應控制在2%以內。破籽率超過2%以上的棉籽，受藥物浸染過重，對發芽率影響很大，破籽率過高就不宜於作種用。
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