1、品牌所屬情況上的區別。通常旗艦店是以自家本來就有的品牌來入駐商城的;但專營店指的是在大類商品下的品牌經營,同時又囊括了自營和別的品牌可以共同經營的特點。
2、從經營範圍上來看,旗艦店是同一品牌、同一個一級類目下的所有產品,而專營店卻沒有明確規定。