藥用側柏一般在秋季採摘。具體來説,一般是在9月到11月之間的這個季節進行採摘。這個時候植物的藥用部分更加豐滿,含有的有效成分也較為高。需要注意的是,採摘藥用側柏時應該選擇沒有受到污染且生長良好的植株,避免採摘病蟲害受到影響的植物。並且在採摘的過程中應該注意保護植物的生長點,避免對植株造成傷害。