1、自行取證或委託律師調查取證
企業自身當然最為了解其自由的商業祕密的有關情況，例如企業自身所想要保護的信息的祕密點，因此企業自身最為取證這無可厚非，但由於商業祕密案件對證據的要求較高，對於取證的範圍和方式等企業可能無法較好的把握，故企業可以選擇聘請專業的律師來幫助完成取證工作。
專業的律師，尤其是擅長處理商業祕密案件的專業律師，往往具有豐富的法律知識和實踐辦案經驗，有嫻熟的訴訟技巧，有能力針對商業祕密案件的專業性強和複雜性為企業保護商業祕密調查取證。
我國《律師法》第三十五條規定律師自行調查取證的，憑律師執業證書和律師事務所證明，可以向有關單位或者個人調查與承辦法律事務有關的情況。該規定賦予了律師在不同階段享有不同程度的調查取證權，這項權力給律師調查取證提供了便利條件。
2、公證機關進行公證保全
公證取證就是以公證機關的公信力，將權利人取證的過程記錄下來，將取得的證據封存在公證機關，在訴訟時提交法庭，作為訴訟的證據。隨着我國公民對公證制度愈漸深入的瞭解，公證證明越來越多地出現在訴訟中。據瞭解，我國公證部門目前所從事的主要業務中，公證取證佔了很大的比重。由於法院身份特殊，而公安、工商部門又不可能對每個案子投入巨大精力物力進行取證，公證部門實際上起到了輔助取證的重要作用。
3、向法院申請證據保全
我國《民事訴訟法》第七十四條規定，在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，訴訟參加人可以向人民法院申請保全證據。提出訴前證據保全申請，應當以書面形式，且一般應在舉證期限屆滿前提出。
在訴前階段，當商業祕密權利人收集侵權人侵權的證據時，發現侵權人正在積極作為毀滅、轉移證據，或者由於證據自身的特性可能滅失的情況，可以申請法院採取訴前證據保全，人民法院受理申請後，審查認為符合訴前證據保全條件的，裁定予以批准，並立即執行。但同時申請人也應當依據法律相關規定繳納保全費用和提供證據線索。
4、申請法院調查取證
申請法院調查取證對於有些特殊的證據材料，由於企業和個人等一般人是無法取得的，因而《最高人民法院關於民事訴訟證據的若干規定》第十七條規定，符合下列條件之一的，當事人及其訴訟代理人可以申請人民法院調查收集證據:
申請調查收集的證據屬於國家有關部門保存並須人民法院依職權調取的檔案材料;
涉及國家祕密、商業祕密、個人隱私的材料;當事人及其訴訟代理人確因客觀原因不能自行收集的其他材料。
5、向工商行政機關申請調查取證
商業祕密權利人發現商業祕密被侵犯時，可以根據《關於禁止侵犯商業祕密行為的若干規定》的規定向各級工商行政管理機關申請查處。工商管理機關在查處過程中有權對侵權產品進行查封、可以根據需要查閲、複製與案件有關的合同、賬冊等有關文件;詢問當事人和證人;採用測量、拍照、攝像等方式進行現場勘驗。工商管理機關依法通過以上行為獲取的文件、筆錄和實物都是證明侵權人侵權的有力證據，在法庭上具有很高的證據效力。商業祕密權利人可以根據發現侵權行為時的具體情況，決定是否採取該種途徑收集證據。
6、通過公安機關調查取證
公安機關是我國法定的偵查案件的機關，擁有強大的偵查力量體、先進的技術設備，豐富的偵查經驗，國家賦予其偵查權力。侵犯商業祕密罪刑事案件一般具有犯罪手段隱蔽、被害人舉證困難的特點，選擇公安機關介入是比較明智的選擇。我國《刑事訴訟法》規定，商業祕密權利人發現侵害事實時，可以向公安機關報案，公安機關認為滿足立案偵查條件的予以立案，並且採用專門的偵查手段調查取證。
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