1、有固氮作用的菌肥:包括根瘤菌、固氮菌、固氮藍藻等;
2、分解土壤有機物的菌肥:包括有機磷細菌和複合細菌等;
3、分解土壤中難溶性礦物的菌肥:包括硅酸鹽細菌、無機磷細菌等;
4、促進作物對土壤養分利用的菌肥:包括菌根菌等;
5、抗病及刺激作物生長的菌肥:包括抗生菌、增產菌等。