1、經濟損失。在中國，從南到北、從東到西，幾乎隨處可見這些外來生物入侵者製造的麻煩。中國是遭受外來物種入侵最嚴重的國家之一。2001～2003年，原國家環保總局組織開展了全國外來入侵物種調查。調查發現，全國共有283種外來入侵物種，每年對經濟和環境造成的損失約1200億元，而現在損失已經高達2000億元。據國際自然資源保護聯盟（IUCN）的報告，外來物種入侵給全球造成的經濟損失每年超過4000億美元。令人擔憂的是，在這些外來入侵物種中，46.3%已經入侵自然保護區。國家環境保護部自然生態保護司生物安全管理處王捷處長日前説。環保專家認為，近年來，中國外來生物入侵現象日益增多，由此造成的生物安全問題也越來越嚴重，有效防範外來物種入侵刻不容緩。
2、物種滅絕。外來有害生物侵入適宜生長的新區後，其種羣會迅速繁殖，並逐漸發展成為當地新的“優勢種”，嚴重破壞當地的生態安全。具體而言，其導致的惡果主要有以下幾項：第一，外來物種入侵會嚴重破壞生物的多樣性，並加速物種的滅絕 生物的多樣性是包括所有的植物、動物、微生物種和它們的遺傳信息和生物體與生存環境一起集合形成的不同等級的複雜系統。雖然一個國家或區域的生物多樣性是大自然所賦予的，但任何一個國家莫不是投入大量的人力、物力盡力維護該國生物的多樣性。而外來物種入侵卻是威脅生物多樣性的頭號敵人，入侵種被引入異地後，由於其新生環境缺乏能制約其繁殖的自然天敵及其他制約因素，其後果便是迅速蔓延，大量擴張，形成優勢種羣，並與當地物種競爭有限的食物資源和空間資源，直接導致當地物種的退化，甚至被滅絕。
3、破壞生態。外來物種入侵，會對植物土壤的水分及其他營養成份，以及生物羣落的結構穩定性及遺傳多樣性等方面造成影響，從而破壞當地的生態平衡。如引自澳大利亞而入侵中國海南島和 雷州半島許多林場的外來物種薇甘菊，由於這種植物能大量吸收土壤水分從而造成土壤極其乾燥，對水土保持十分不利。此外，薇甘菊還能分泌化學物質抑制其他植物的生長，曾一度嚴重影響整個林場的生產與發展。
4、威脅健康。如起源於東亞的“荷蘭榆樹病”曾入侵歐洲，並於1910年和1970年兩次引起大多數歐洲國家的榆樹死亡。又如40年前傳入中國的豚草，其花粉導致的“枯草熱”會對人體健康造成極大的危害。每到花粉飄散的7～9月，體質過敏者便會發生哮喘，打噴嚏，流鼻涕等症狀，甚至由於導致其它併發症的產生而死亡。
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