1、硫痠軟骨素在醫學上主要的應用途徑是作為治療關節疾病的藥品，與氨基葡萄糖配合使用，具有止痛，促進軟骨再生的功效，可以從根本改善關節問題。
提供墊襯作用，緩和行動時的衝擊和摩擦，能將水分吸入蛋白多糖分子內，使軟骨變厚，並增加關節內的滑液量。軟骨素的重要功能之一就是作為輸送管道，把重要的氧供和營養素輸送至關節，幫助清除關節內的廢物，同時把二氧化碳和廢物加以排除。由於關節軟骨並無血液供應，因此所有的充氧、滋養及潤滑作用皆來自滑液。
2、硫痠軟骨素對角膜膠原纖維具有保護作用，能促進基質中纖維的增長，增強通透性，改善血液循環，加速新陳代謝，促進滲透液的吸收及炎症的消除；其聚陰離子具有強的保水性，能改善眼角膜組織的水分代謝，對角膜有較強的親和力，能在角膜表面形成一層透氣保水膜，改善眼部乾燥症狀。
通過促進基質的生成，為細胞的遷移提供構架，有利於角膜上皮細胞的遷移，從而促進角膜創傷的癒合，滲出液的吸收及炎症的消除。
3、通過高科技深加工，可以治療神經性頭疼、三叉神經痛、冠心病、心絞痛、心肌缺氧、心腦血管疾病、關節痛、動脈粥樣硬化及肝炎等症，其中CS還具有抗凝和抗血栓形成的作用，也可用於因鏈黴素引起的聽覺障礙和肝臟功能受損的輔助治療以及高血脂的輔助治療。
4、可以作為保健品、食品中的添加劑，具有增強人體體質及抗病菌、美容、抗衰老等作用。改善聽力和肌膚乾燥。在體內可抑制小腸對脂質和葡萄糖的吸收以達到減肥作用。
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