1、腐生。從動植物屍體上或無生命的有機物中吸收養料的食用菌為腐生菌。絕大多數食用菌都營腐生生活，在自然界中有機物質的分解和轉化中起重要作用。腐生包括只營腐生生活的專性腐生和以寄生為主兼營腐生的兼性腐生。大多數細菌、放線菌、酵母菌和黴菌以及食用菌都營腐生生活。腐生菌較易培養，目前能人工栽培的食用菌都是腐生菌。
2、寄生。生活於寄主體內或體表，從活着的寄主細胞中吸取養分進行生長繁殖的食用菌為寄生菌。在食用菌中，只能寄生在活的寄主上的轉性寄生十分罕見，多為兼性寄生或兼性腐生，以腐生為主、兼營寄生的為兼性寄生，以寄生為主、兼營腐生的為兼性腐生。專性寄生的典型代表是星孢寄生菇，它專門寄生在稀褶黑菇的子實體上，並在寄主的子實體上產生自己的子實體，形成“菇上菇”現象，該菌又稱蕈寄生菌。兼性寄生菌的典型代表是蜜環菌，它可以在樹木的死亡部分營腐生生活，一旦進入木質部的活細胞後就轉為寄主生活，常生長在針葉或闊葉樹幹基部和根部。
3、共生。與相應生物生活在一起，形成互利互惠、相互依存關係的菌為共生菌。食用菌與某些植物、動物及真菌之間都存在着共生現象。菌根菌是食用菌與植物共生的典型代表；食用菌的菌絲與植物根結合成複合體——菌根。菌根能分泌吲哚乙酸等生長激素，刺激植物根系生長，並且菌絲還能幫助植物吸收水分和無機鹽，而菌根植物則把光合作用合成的碳水化合物提供給菌根菌。塊菌科、牛肝菌科、口蘑科、紅菇科、鵝膏菌科的許多種類如松口蘑、鬆乳菇、大紅菇、鉚釘菇、美味牛肝菌都是我國最常見的菌根菌。
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